ADPKD’de entegre serum ve idrar-omics analizleri, biyomarkır ve mekanistik içgörü kaynağı olarak

Proje Başlığı:

Otozomal dominant polikistik böbrek hastalığı (ADPKD) alanında serum ve idrar-omics analizlerinin bir biomarker kaynağı ve mekanistik görüş olarak entegrasyonu

Amaçlar:

• Alman AD(H)PKD grubundan yaklaşık 2100 örnek içeren idrar proteomunu kütle spektrometrisi (MS) kullanarak analiz edin. Veri temizleme, normalleştirme, eksik veri tahsisi ve grup etkisi düzeltme işlemlerini gerçekleştirin.
• eGFR düşüşü ile ilişkili idrarda proteinleri tespit etmek için wLASSO ve LIMMA hesaplama metodlarını kullanın ve ADPKD ilerleyişinde rol oynayan birleşik biyomoleküler işlevleri inceleyin.
• eGFR eğim ile ilişkili proteinlerin öngörü gücünü belirleyin ve mevcut en gelişmiş klinik değişkenler ve tahmin araçlarını (ör. eGFR, yaş, cinsiyet, MIC, genotip, PRO-PKD puan) içerecek şekilde çoklu değişkenli modellere olan ek değerlerini belirleyin.

Sonuçlar:

• ADPKD hastalarından alınan idrar örneklerinde iki binden fazla protein tespit edildi ve normalleştirme sonrası, on beş yüzden fazla protein daha fazla analiz için kaldı.
• Yirmi protein, eGFR düşüşü ile en güçlü şekilde ilişkilendirildi ve bunların moleküler fonksiyonları genellikle böbrek epitel hücrelerinin yapışmasını ve yapısal bütünlüğün bozulmasını göstermektedir.
• İdrar proteom tabanlı çok değişkenli model, klinik modele (r²=0.32’ye karşı r²=0.22) kıyasla üstün bir performans gösterir. Ayrıca, mevcut ADPKD ilerleme metotlarını idrar proteinleri ile entegre etmek, tahmin kapasitesini artırır (r²=0.37’ye karşı r²=0.32).