Analisi integrate del siero e dell’urina (omics) nell’ADPKD come fonte di biomarcatori e di approfondimento meccanicistico

Titolo del progetto:

Analisi integrate del siero e dell’urina-omics nella malattia renale policistica autosomica dominante (ADPKD) come fonte di biomarcatori e intuizioni meccanistiche

Obiettivi:

• Analizzare il proteoma urinario usando la spettrometria di massa (MS) dal gruppo AD(H)PKD tedesco, che include circa 2.100 campioni. Eseguire pulizia dei dati, normalizzazione, imputazione e correzione dell’effetto batch.
• Identificare le proteine urinarie associate al declino dell’eGFR utilizzando wLASSO e LIMMA, i metodi computazionali, ed esplorare le funzioni biomolecolari associate coinvolte nella progressione dell’ADPKD.
• Determinare la capacità predittiva delle proteine associate alla pendenza dell’eGFR e stabilire il loro valore aggiunto nei modelli multivariati che integrano le variabili cliniche all’avanguardia e gli strumenti di previsione (ad es. eGFR, età, sesso, MIC, genotipo, punteggio PRO-PKD).

Risultati:

• Sono state rilevate più di duemila proteine nei campioni di urina di pazienti con ADPKD e, dopo la normalizzazione, sono rimaste per ulteriori analisi oltre millecinquecento proteine.
• Venti proteine erano le più fortemente associate al declino dell’eGFR e le loro funzioni molecolari indicano principalmente l’adesione dell’epitelio renale e la rottura dell’integrità strutturale.
• Il modello multivariato basato sul proteoma urinario mostra prestazioni superiori rispetto al modello clinico (r²=0.32 vs r²=0.22). Inoltre, l’integrazione degli attuali metodi di progressione dell’ADPKD con le proteine urinarie migliora la capacità predittiva (r²=0.37 vs r²=0.32).